平成28年の扶養控除等異動申告書には、法令上、個人番号の記載が義務付けられています。
ただし、扶養控除等異動申告書に「個人番号については給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」と記載し、給与支払者は、既に提供を受けている従業員等の個人番号を確認し、確認した旨を扶養控除等申告書に表示すればよいとされました。
その場合には、社員番号等で検索できるようにしておけば、扶養控除等異動申告書と別保管することも可能です。
また、ICT等のシステムを利用して個人番号（マイナンバー）を収集して、システム上で保管することも可能になります。
扶養控除等異動申告書に個人番号を記載しないことで、年末調整の担当者を必ずしもマイナンバーの事務取扱担当者としないこともできます。
その場合は、扶養親族の個人番号の収集漏れがないよう、扶養控除等異動申告書と照合する必要があります。
また、扶養控除等異動申告書に従業員や扶養親族の氏名・住所・生年月日等をプレ印字したものを従業員に渡し、従業員がその申告書を使って提出すれば、身元確認ができ、免許証等の他の書類の提示（提出）は不要とされました。
更新内容でマイナンバーの事務に大きく影響がありそうな更新部分は以下のとおりです。

国税庁HP「源泉所得税関係に関するFAQ」
Q1-9 扶養控除等申告書の個人番号欄に「給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨の記載をすることで、個人番号の記載に代えることはできますか。
（答）
平成28年1月以後に提出する扶養控除等申告書には、従業員本人、控除対象配偶者及び控除対象扶養親族等の個人番号を記載する必要がありますので、その記載内容が前年以前と異動がない場合であっても、原則、その記載を省略することはできません。
しかしながら、給与支払者と従業員との間での合意に基づき、従業員が扶養控除等申告書の余白に「個人番号については給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨を記載した上で、給与支払者において、既に提供を受けている従業員等の個人番号を確認し、確認した旨を扶養控除等申告書に表示するのであれば、扶養控除等申告書の提出時に従業員等の個人番号の記載をしなくても差し支えありません。
なお、給与支払者において保有している個人番号と個人番号の記載が省略された者に係る個人番号については、適切かつ容易に紐付けられるよう管理しておく必要があります。
（注）
    1 この取扱いは、原則として税務署に提出されることなく給与支払者が保管することとされている扶養控除等申告書について、給与支払者の個人番号に係る安全管理措置への対応の負担軽減を図るために、個人番号の記載方法として認めるものであることから、個人番号以外の扶養控除等申告書に記載すべき項目については、前年と変更ない場合であっても、記載を省略することなく扶養控除等申告書に記載する必要があります。
    2 「給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨が記載された申告書について、税務署長から提出を求められた場合には、給与支払者は扶養控除等申告書に従業員等の個人番号を付記して提出する必要があります。
    3 この方法をとった場合には以下の点に留意が必要です。
        （1） 給与支払者において保有している従業員等の個人番号（従業員等の個人番号に異動があった場合は異動前の個人番号を含む。）については、扶養控除等申告書の保存期間（7年間）は、廃棄又は削除することはできません。
        （2） 保有する個人番号については、個人番号関係事務に必要がなくなったとき及び個人番号を記載すべきであった扶養控除等申告書の保存年限を経過したときには、速やかに廃棄又は削除しなければなりません（廃棄が必要となってから廃棄作業を行うまでの期間については、毎年度末に廃棄を行う等、個人番号及び特定個人情報の保有に係る安全性及び事務の効率性等を勘案し、事業者において判断してください。）。
        （3） 給与所得の源泉徴収票（税務署提出用）には適切に個人番号を記載する必要があります。

Q1-13 扶養控除等申告書に従業員等の個人番号を印字した状態で従業員に交付して、従業員がその内容を確認した上で給与の支払者に提出するという方法は可能ですか。
（答）
所得税法上、扶養控除等申告書の提出者は、必要事項（氏名、住所、個人番号等）を記載した申告書を、給与支払者に提出することとされていますので、一般的には従業員自身が必要事項を記載し、給与支払者に提出する必要があります。
しかしながら、給与支払者が扶養控除等申告書に従業員等の個人番号を印字し、その印字された個人番号を従業員本人が確認することにより個人番号を従業員本人が記載した状況と同様の状態とすることについて、従業員本人と給与支払者の間で了解されているのであれば、ご質問による方法をとることも、番号法上可能であると解されます。


Q2-5 扶養控除等申告書に従業員の氏名及び生年月日又は住所をプレ印字して交付し、従業員がその扶養控除等申告書を用いて申告した場合は、本人確認のうち身元確認は完了したものとして考えてよいですか。
（答）
お示しの方法をとった場合、本人確認のうち身元確認については完了しているものと考えます。


詳細は以下のURLからご覧いただけます。

国税庁HP「社会保障・税番号制度＜マイナンバー＞FAQ（平成27年10月28日現在）」

https://www.nta.go.jp/mynumberinfo/FAQindex.htm